當前，全國農村農業產業升級、城鄉一體化發展進程不斷加快。國家以及下級政府在農村集體土地的規劃調整、征收以及房屋拆遷等過程中產生了不少問題，尤其是當地政府及其土地管理部門在對農村集體土地開展征收與補償時的很多不合法、不合理行政行為，引發了大量的行政糾紛，對農民切身利益產生了較大影響。
我國土地管理法及其實施條例自發布以來進行了數次修改，其中對于不同層級政府的征地審批權限作了幾次調整，在這些調整的過渡階段會產生執法不統一的問題。為推動地方經濟發展，各地政府在土地管理法的框架下，通常都會出臺各種試點性和臨時性的政策，包括征地權限、征地程序、補償標準等。這些政策措施往往為追求效率因而較為靈活，有些是當時法律沒有規定的，有些甚至與法律規定不符。在試行一段時間后覺得效果不理想或者為適應新的法律往往又加以改變。具體在辦案過程中，經常會出現同一片區土地征收補償價格不一致，“多鬧多得，少鬧少得”情況明顯，建議各政府部門在進行征收工作前，定期舉辦聽證會，積極做好群眾意見反饋，在補償標準中做到“一把尺丈量”，照顧現實情況，平衡各方當事人的利益。
征收補償標準和補償方式方式設置的不合理，補償款或安置房屋發放不及時、條件不到位是糾紛頻發的一個重要原因。《土地管理法》對征收補償標準及方式作出了原則性的規定，但有的地方政府為了節約征地成本，確定的補償標準遠遠低于被征收人的預期，且單一、有限的貨幣補償方式未能體現土地的實際價值，也不足以彌補被征地農民的其他損失。而且，由村集體組織統一發放補償款的模式容易造成補償款發放不透明、不及時，農民在交出土地、遷出房屋后，補償款又未足額到位、安置地點或安置房屋遲遲無法落實，導致被征收人的權益無法得到充分的保障，進而激化矛盾，造成對政府不信任，產生糾紛。另外，還有些政府在與老百姓簽訂安置補償協議的時候夸下海口，結果安置房屋無論是地段、配套設施甚至是房屋的基礎條件都與承諾時相去甚遠。
《土地管理法》規定了土地及房屋的征收程序，但目前行政機關征地程序違法的情況仍屢見不鮮。一是征地公告發布不規范，如公告方式不透明、公告內容不完整，剝奪了被征地村民的知情權；二是不依法舉行聽證。被征用土地的村集體對征用土地補償、安置方案有不同意見時有權要求進行聽證。但在實踐中，征地機關為簡化程序，減少麻煩，不告知、不愿意聽證的現象仍然存在；三是有的地方政府在與土地使用權人達不成補償安置協議時，通常會未經程序將其認定為違建或者是危房進而進行拆除工作。導致很多老百姓莫名其妙，住的好好的房子怎么就成了違建或危房呢，進一步加大了與政府間的矛盾。
